Evaluation of 3-Hydroxy-3-methylglutaryl-Coenzyme A Lyase Arginine-41 as a Catalytic Residue: Use of Acetyldithio-Coenzyme A To Monitor Product Enolization
Notice bibliographique
Résumé
3-Hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A (HMG-CoA) lyase catalyzes the divalent cation-dependent cleavage of HMG-CoA to produce acetyl-CoA and acetoacetate. Arginine-41 is an invariant residue in HMG-CoA lyases. Mutation of this residue (R41Q) correlates with human HMG-CoA lyase deficiency. To evaluate the functional importance of arginine-41, R41Q and R41M recombinant mutant human HMG-CoA lyase proteins have been constructed, expressed, and purified. These mutant proteins retain structural integrity based on Mn(2+) binding and affinity labeling stoichiometry. R41Q exhibits a 10(5)-fold decrease in V(max); R41M activity is >or=10-fold lower than the activity of R41Q. Acetyldithio-CoA, an analogue of the reaction product, acetyl-CoA, has been employed to test the function of arginine-41, as well as other residues (e.g., aspartate-42 and histidine-233) implicated in catalysis. Acetyldithio-CoA supports enzyme-catalyzed exchange of the methyl protons of the acetyl group with solvent; exchange is dependent on the presence of Mg(2+) and acetoacetate. In comparison with wild-type human enzyme, D42A and H233A mutant enzymes exhibit 4-fold and 10-fold decreases, respectively, in the proton exchange rate. In contrast, R41Q and R41M mutants do not catalyze any substantial enzyme-dependent proton exchange. These results suggest a role for arginine-41 in deprotonation or enolization of acetyldithio-CoA and implicate this residue in the HMG-CoA cleavage reaction chemistry that leads to acetyl-CoA product formation. Assignment of arginine-41 as an active site residue is also supported by a homology model for HMG-CoA lyase based on the structure of 4-hydroxy-2-ketovalerate aldolase. This model suggests the proximity of arginine-41 to other amino acids (aspartate-42, glutamate-72, histidine-235) implicated as active site residues based on their function as ligands to the activator cation.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».