Characterization of proteins associating with 5’ terminus of PGHS-1 mRNA
Notice bibliographique
Résumé
Induction of Prostaglandin Endoperoxide H Synthase-1 (PGHS-1) gene has been previously documented in a few studies during events such as development and cellular differentiation. However, molecular mechanisms governing the regulation of PGHS-1 gene expression and contributing to changes in protein levels are poorly understood. Using the MEG-01 cell model of PGHS-1 gene induction, our laboratory has previously demonstrated that the 5'UTR and the first two exons of PGHS-1 mRNA had a significant impact on decreasing the translational efficiency of a reporter gene and suggested that the presence of a secondary structure is required for conservation of this activity. This 5'end of PGHS-1 mRNA sequence has also been shown to associate with nucleolin protein. In the current study, we set to investigate the protein composition of the mRNP (messenger ribonucleoprotein) associating with the 5'end of PGHS-1 mRNA and to identify its protein members. RNA/protein binding assays coupled with LC-MS analysis identified serpin B1 and NF45 (nuclear factor 45) proteins as potential members of PGHS-1 mRNP complex. Immunoprecipitation experiments using MEG-01 protein extracts validated mass spectrometry data and confirmed binding of nucleolin, serpin B1, NF45 and NF90. The RNA fraction was extracted from immunoprecipitated mRNP complexes and association of RNA binding proteins, serpin B1, NF45 and NF90, to PGHS-1 mRNA target sequence was confirmed by RT-PCR. Together these data suggest that serpin B1, NF45 and NF90 associate with PGHS-1 mRNA and can potentially participate in the formation a single or a number of PGHS-1 ribonucleoprotein complexes, through nucleolin that possibly serves as a docking base for other protein complex members.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».