Developmental and activity‐dependent genomic occupancy profiles of CREB in monkey area V1
Notice bibliographique
Résumé
The mammalian neocortex displays significant plastic rearrangement in response to altered sensory input, especially during early postnatal development. It is believed that cyclic AMP-response element-binding (CREB) plays an important role in orchestrating the molecular events that guide neuroplastic change, although the details of its genomic targets during normal postnatal development or in response to sensory deprivation remain unknown. Here, we performed CREB chromatin immunoprecipitation (ChIP) from monkey area V1 tissue and hybridized enriched DNA fragments to promoter microarrays (ChIP chip analysis). Our goal was to determine and categorize the CREB regulon in monkey area V1 at two distinct developmental stages (peak of critical period vs. adulthood) and after 5 days of monocular enucleation (ME) at both ages. Classification of enriched candidates showed that the majority of isolated promoter loci (n = 795) were common to all four conditions. A particularly interesting group of candidates (n = 192) was specific to samples derived from enucleated infant area V1. Gene ontology analysis of CREB targets during early postnatal development showed a subgroup of genes implicated in cytoskeleton-based structural modification. Analysis of messenger RNA expression (quantitative real-time-polymerase chain reaction) of candidate genes showed striking differences in expression profiles between infant and adult area V1 after ME. Our study represents the first extensive genomic analysis of CREB DNA occupancy in monkey neocortex and provides new insight into the multifaceted transcriptional role of CREB in guiding neuroplastic change.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».