Structure of the Periplasmic Stress Response Protein CpxP
Notice bibliographique
Résumé
CpxP is a novel bacterial periplasmic protein with no homologues of known function. In gram-negative enteric bacteria, CpxP is thought to interact with the two-component sensor kinase, CpxA, to inhibit induction of the Cpx envelope stress response in the absence of protein misfolding. CpxP has also been shown to facilitate DegP-mediated proteolysis of misfolded proteins. Six mutations that negate the ability of CpxP to function as a signaling protein are localized in or near two conserved LTXXQ motifs that define a class of proteins with similarity to CpxP, Pfam PF07813. To gain insight into how these mutations might affect CpxP signaling and/or proteolytic adaptor functions, the crystal structure of CpxP from Escherichia coli was determined to 2.85-Å resolution. The structure revealed an antiparallel dimer of intertwined α-helices with a highly basic concave surface. Each protomer consists of a long, hooked and bent hairpin fold, with the conserved LTXXQ motifs forming two diverging turns at one end. Biochemical studies demonstrated that CpxP maintains a dimeric state but may undergo a slight structural adjustment in response to the inducing cue, alkaline pH. Three of the six previously characterized cpxP loss-of-function mutations, M59T, Q55P, and Q128H, likely result from a destabilization of the protein fold, whereas the R60Q, D61E, and D61V mutations may alter intermolecular interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».