JC Virus Genotypes in Northwestern China: Implications for Its Population History.
Notice bibliographique
Résumé
Genotyping of urinary JC virus (JCV) DNAs is a useful means of elucidating the origin of ethnic populations. We previously reported JCV genotypes in eastern China and Mongolia. To gain a comprehensive picture of JCV genotypes in China, we collected urine samples at three northwestern sites along the Silk Road: X'ian, Lanzhou and Urumqi. DNA was extracted from urine samples, and used to amplify the 610-base-pair region (IG region) of the viral genome. For each geographical site, we determined 16 to 24 IG sequences, from which a neighbor-joining phylogenetic tree was constructed to classify detected JCV isolates into distinct genotypes. (1) The northeastern-Asian genotype (CY) was mainly detected at X'ian and Lanzhou. This finding suggested that these two sites were colonized mainly by northeastern Asians. (2) The northeastern-Asian (CY) and central/western-Asian genotype (B1-b) were mainly detected at Urumqi. This suggested that Urumqi was colonized by both northeastern and central Asians. (3) In addition, several minor JCV genotypes were detected at these sites. These included a genotype (B1-c) prevalent in Europe and western Asia and a genotype (Af2) prevalent in Africa and western Asia. Significant admixture of human populations may have occurred in areas along the Silk Road that was used in ancient times to transport goods between China and Europe.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».