Reply to Letter to the Editor: a Response to the Letter of M. Tisdale
Notice bibliographique
Résumé
In Response: Murine proteolysis-inducing factor (PIF) is composed of a short peptide core with extensive N- and O-linked oligosaccharide chains. A human homologue of PIF has proved elusive, using approaches based on the structure of murine PIF. As for a human variant of the core peptide, the absence of a motif for glycosylation (1, 2) remains the most important barrier to accepting the notion that human cancer cells transform the dermcidin gene product into a PIF. As for the carbohydrate moieties that confer the proteolysis-inducing activity, the only means available for their identification or purification, a monoclonal antibody, is not a valid tool in human studies owing to extensive nonspecific binding (2). This fact is now acknowledged by M. Tisdale, and draws into question prior PIF immunoblot results in human subjects (3–5).M. Tisdale provides no new insight about how human PIF could be revealed, if it were present. The suggestion that PIF can be verified by colocalization of reactions with antibodies to the core protein and carbohydrate is not useful because no antibody is specific for the critical carbohydrate part. Investigations of the putative human PIF have eluded efforts to find evidence of colocalization, in human-derived materials, of the peptide core, the oligosaccharide chains, and the proteolysis-inducing activity. The human core peptide is not glycosylated by human tumor cells and its presence in tumor cells bears no relationship to a cachexia phenotype (1, 2, 6). Similarly, a positive reaction with the antibody to the carbohydrate chain does not relate to either cachexia or malignant disease in humans (2–5) and none of the proteins reacting with this antibody are associated with a peptide of the sequence described for the core protein (2).Human PIF is a molecule reported, to date, exclusively by a single laboratory, and this is the greatest limitation for the interest of PIF for our understanding of cancer cachexia. M. Tisdale could greatly clarify this research domain by disseminating to independent laboratories authentic human PIF with the structural and biological features claimed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,027 | 0,037 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».