Genomic Diversity in Pig (Sus scrofa) and its Comparison with Human and other Livestock
Notice bibliographique
Résumé
We have reviewed the current pig (Sus scrofa) genomic diversity within and between sites and compared them with human and other livestock. The current Porcine 60K single nucleotide polymorphism (SNP) panel has an average SNP distance in a range of 30 - 40 kb. Most of genetic variation was distributed within populations, and only a small proportion of them existed between populations. The average heterozygosity was lower in pig than in human and other livestock. Genetic inbreeding coefficient (F(IS)), population differentiation (F(ST)), and Nei's genetic distance between populations were much larger in pig than in human and other livestock. Higher average genetic distance existed between European and Asian populations than between European or between Asian populations. Asian breeds harboured much larger variability and higher average heterozygosity than European breeds. The samples of wild boar that have been analyzed displayed more extensive genetic variation than domestic breeds. The average linkage disequilibrium (LD) in improved pig breeds extended to 1 - 3 cM, much larger than that in human (~ 30 kb) and cattle (~ 100 kb), but smaller than that in sheep (~ 10 cM). European breeds showed greater LD that decayed more slowly than Asian breeds. We briefly discuss some processes for maintaining genomic diversity in pig, including migration, introgression, selection, and drift. We conclude that, due to the long time of domestication, the pig possesses lower heterozygosity, higher F(IS), and larger LD compared with human and cattle. This implies that a smaller effective population size and less informative markers are needed in pig for genome wide association studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».