Abstract A9: A whole-locus sequencing approach to identify polymorphisms associated with juvenile-onset granulosa cell tumor susceptibility in SWR mice
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Genes that are fundamental for normal development and regulation of the mammalian ovary have been identified through genetic investigations of unusual cases of altered fecundity, infertility or ovarian pathology in model species. In the SWR/Bm (SWR) inbred mouse, we have mapped three distinct loci on Chromosome (Chr) 4 (Gct1) and Chr X (Gct4, Gct6) that have a deleterious effect on ovarian development leading to the formation of juvenile-onset granulosa cell (GC) tumors. GC tumors in SWR female mice have strong parallels with juvenile-type GC tumors that appear in infants and young girls based on endocrinological, histological and malignant criteria. As such, the genetic and epigenetic determinants for tumorigenic processes operative in SWR mice will provide novel information for translational investigations of human juvenile-type GC tumors. The Gct1 allele derived from the SWR strain (Gct1SW) is unique in its support of androgen-sensitive GC tumor-susceptibility, with the expectation that a unique mutation underlies this trait. The X-linked Gct4 locus is a modifier locus for early-onset GC tumorigenesis, acting in conjunction with the Gct1 allele to enhance or diminish tumor susceptibility with a strong paternal, parent-of-origin effect. The X-linked Gct6 locus harbors a tumor suppressor for GC tumorigenesis, with a unique allele contributed by the Castaneus mouse strain. Forward genetic crosses and congenic strain mapping have resolved the candidate gene intervals for Gct1, Gct4 and Gct6 to 1.31, 1.34 and 1.02 Mb, respectively. It was our goal to evaluate all potential protein-coding or regulatory sequence polymorphisms between the GC tumor-sensitive SWR inbred strain and SWR-derived congenic strains that are resistant to androgen-inducible GC tumorigenesis. The individual locus regions were subsequently captured in a custom library approach prior to high-throughput, next generation sequencing. Informatics analyses of all polymorphisms are underway in the search for unique variants that will be investigated for their causal role in GC tumor susceptibility in this mouse model. For the Gct1SW locus, protein-coding variants have been excluded by our analysis, suggesting that regulatory variant(s) support the juvenile-onset GC tumor susceptible phenotype. Citation Format: Ann M. Dorward, Kerri N. Smith, Zoha Rabie, Edward S. Yaskowiak, Laura G. Reinholdt. A whole-locus sequencing approach to identify polymorphisms associated with juvenile-onset granulosa cell tumor susceptibility in SWR mice. [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Advances in Ovarian Cancer Research: From Concept to Clinic; Sep 18-21, 2013; Miami, FL. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2013;19(19 Suppl):Abstract nr A9.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».