Evolutionary Analyses of Staphylococcus aureus Identify Genetic Relationships between Nasal Carriage and Clinical Isolates
Notice bibliographique
Résumé
Nasal carriage of Staphylococcus aureus has long been hypothesized to be a major vector for the transmission of virulent strains throughout the community. To address this hypothesis, we have analyzed the relatedness between a cohort of nasal carriage strains and clinical isolates to understand better the genetic conformity therein. To assess the relatedness between nasal carriage and clinical isolates of S. aureus, a genetic association study was conducted using multilocus sequence typing (MLST) and typing of the hypervariable regions of clumping factor and fibronectin binding protein genes. At all loci analyzed, genetic associations between both nasal carriage and clinical isolates were observed. Computational analyses of MLST data indicate that nasal carriage and clinical isolates belong to the same genetic clusters (clades), despite differences in sequence type assignments. Genetic analyses of the hypervariable regions from the clumping factor and fibronectin binding protein genes revealed that not only do clinically relevant strains belong to identical genetic lineages as the nasal carriage isolates within our cohort, but they also exhibit 100% sequence similarity within these regions. The findings of this report indicate that strains of S. aureus being carried asymptomatically throughout the community via nasal colonization are genetically related to those responsible for high levels of morbidity and mortality.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».