Ultraviolet resonance Raman spectroscopy of locked single‐stranded oligo(dA) reveals conformational implications of the locked ribose in LNA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We report here the first UV resonance Raman spectroscopic (UVRRS) study on locked nucleic acid (LNA) oligomers. Locking a base in nucleic acid (NA) oligomers produces a conformational change in the glycosyl bond between backbone and base. We present evidence of this change in LNAs when compared to their natural analogs using UVRRS. Wavenumber downshifts and peak amplitude increases, especially of the ∼1481 cm −1 peak that is a spectral marker for part of the glycosyl bond, correlate with the fraction of locked bases when single‐stranded oligomers incorporating up to three locked bases were examined. By varying the position of the locked base within a fixed length sequence, we conclude that one, or at most two bases, on either side of the lock is affected. We further conclude from these data, and previously published reports, that the conformation of LNA is determined by imidazole–imidazole and pyrimidine–pyrimidine repulsion and imidazole–pyrimidine attraction in contrast to dispersion attraction‐dependent aggregation in the B conformation of DNA. Copyright © 2009 John Wiley & Sons, Ltd.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».