Sensitive Genetic Screen for Protease Activity Based on a Cyclic AMP Signaling Cascade in <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
We describe a genetic system that allows in vivo screening or selection of site-specific proteases and of their cognate-specific inhibitors in Escherichia coli. This genetic test is based on the specific proteolysis of a signaling enzyme, the adenylate cyclase (AC) of Bordetella pertussis. As a model system we used the human immunodeficiency virus (HIV) protease. When an HIV protease processing site, p5, was inserted in frame into the AC polypeptide, the resulting ACp5 protein retained enzymatic activity and, when expressed in an E. coli cya strain, restored the Cya(+) phenotype. The HIV protease coexpressed in the same cells resulted in cleavage and inactivation of ACp5; the cells became Cya(-). When the entire HIV protease, including its adjacent processing sites, was inserted into the AC polypeptide, the resulting AC-HIV-Pr fusion protein, expressed in E. coli cya, was autoproteolysed and inactivated: the cells displayed Cya(-) phenotype. In the presence of the protease inhibitor indinavir or saquinavir, AC-HIV-Pr autoproteolysis was inhibited and the AC activity of the fusion protein was preserved; the cells were Cya(+). Protease variants resistant to particular inhibitors could be easily distinguished from the wild type, as the cells displayed a Cya(-) phenotype in the presence of these inhibitors. This genetic test could represent a powerful approach to screen for new proteolytic activities and for novel protease inhibitors. It could also be used to detect in patients undergoing highly active antiretroviral therapy the emergence of HIV variants harboring antiprotease-resistant proteases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».