Estimation of the repeatability and reproducibility of three diagnostic tests for infectious salmon anaemia virus
Notice bibliographique
Résumé
Reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), virus isolation (VI) and indirect fluorescent antibody tests (IFAT) are three assays currently used by the salmon industry to identify fish infected with infectious salmon anaemia virus (ISAV). However, no data are available on the repeatability (within-laboratory consistency) and reproducibility (between-laboratory consistency) of these assays and very limited information is available on the effect of freezing samples on test results. In order to evaluate these assays, five laboratories participated in a blinded study of 400 kidney samples representing four populations of farmed Atlantic salmon with different prevalence of ISAV. Each laboratory used its own testing protocols. Repeatability and reproducibility were evaluated using kappa as the measure of agreement. The effect of freezing was evaluated using the McNemar test. Freezing did not affect VI but improved the sensitivity of RT-PCR. The repeatability and reproducibility of VI was almost perfect. There was a substantial difference in repeatability of RT-PCR among the three laboratories with kappa ranging from 0.5 to 0.96. The repeatability for RT-PCR was generally low. The repeatability of IFAT was moderate when the results were analysed using 1+ and above as a positive result. The results of the study show the need to standardize the protocol and interpretation of RT-PCR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,032 | 0,043 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».