Improving Protein Function Prediction using the Hierarchical Structure of the Gene Ontology
Notice bibliographique
Résumé
High performance and accurate protein function prediction is an important problem in molecular biology. Many contemporary ontologies, such as Gene Ontology (GO), have a hierarchical structure that can be exploited to improve the prediction accuracy, and lower the computational cost, of protein function prediction. We leverage the hierarchical structure of the ontology in two ways. First, we present a method of creating hierarchy-aware training sets for machine-learned classifiers and we show that, in the case of GO molecular function, it is the most accurate method compared to not considering the hierarchy during training. Second, we use the hierarchy to reduce the computational cost of classification. We also introduce a sound methodology for evaluating hierarchical classifiers using global cross-validation. Biologists often use sequence similarity (e.g. BLAST) to identify a " nearest neighbor" sequence and use the database annotations of this neighbor to predict protein function. In these cases, we use the hierarchy to improve accuracy by a small amount. When no similar sequences can be found (which is true for up to 40% of some common proteomes), our technique can improve accuracy by a more significant amount. Although this paper focuses on a specific important application-protein function prediction for the GO hierarchy-the techniques may be applied to any classification problem over a hierarchical ontology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».