RNase A Does Not Translocate the Alpha-Hemolysin Pore
Notice bibliographique
Résumé
The application of nanopore sensing utilizing the α-hemolysin pore to probe proteins at single-molecule resolution has expanded rapidly. In some studies protein translocation through the α-hemolysin has been reported. However, there is no direct evidence, as yet, that proteins can translocate the α-hemolysin pore. The biggest challenge to obtaining direct evidence is the lack of a highly sensitive assay to detect very low numbers of protein molecules. Furthermore, if an activity based assay is applied then the proteins translocating by unfolding should refold back to an active confirmation for the assay technique to work. To overcome these challenges we selected a model enzyme, ribonuclease A, that readily refolds to an active conformation even after unfolding it with denaturants. In addition we have developed a highly sensitive reverse transcription polymerase chain reaction based activity assay for ribonuclease A. Initially, ribonuclease A, a protein with a positive net charge and dimensions larger than the smallest diameter of the pore, was subjected to nanopore analysis under different experimental conditions. Surprisingly, although the protein was added to the cis chamber (grounded) and a positive potential was applied, the interaction of ribonuclease A with α-hemolysin pore induced small and large blockade events in the presence and the absence of a reducing and/or denaturing agent. Upon measuring the zeta potential, it was found that the protein undergoes a charge reversal under the experimental conditions used for nanopore sensing. From the investigation of the effect of voltage on the interaction of ribonuclease A with the α-hemolysin pore, it was impossible to conclude if the events observed were translocations. However, upon testing for ribonuclease A activity on the trans chamber it was found that ribonuclease A does not translocate the α-hemolysin pore.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».