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Enregistrement W2061124081 · doi:10.1021/pr201196e

Myelin Basic Protein Undergoes a Broader Range of Modifications in Mammals than in Lower Vertebrates

2012· article· en· W2061124081 sur OpenAlexaff
Chunchao Zhang, Angela K. Walker, Robert Zand, Mario A. Moscarello, Jerry Mingtao Yan, Philip Andrews

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSignaling Pathways in Disease
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institutes of HealthUniversity of Michigan
Mots-clésDeamidationCitrullinationMyelin basic proteinLysineArginineAcetylationBiochemistryGlutamineChemistryThreonineBiologyMyelinPhosphorylationAmino acidCitrullineCentral nervous systemEnzymeSerineNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Myelin basic protein (MBP) is an important component of the myelin sheath surrounding neurons, and it is directly affected in demyelinating diseases. MBP contains a relatively large number of post-translational modifications (PTMs), which have been reported to play a role in multiple sclerosis, while MBPs from lower vertebrates have been reported to be incapable of inducing multiple sclerosis or allergic encephalitis. This study reveals the extent of differences in PTM patterns for mammalian and nonmammalian MBPs. This included intact mass and de novo sequence analysis of approximately 85% of rattlesnake MBP, the first reptile MBP to be characterized, and of bovine MBP. We identified 12 PTMs at 11 sites in the five bovine MBP charge components, which include both previously reported and novel modifications. The most notable modification is an acetylation of lysine 121. Other modifications found in bovine MBP include N-terminal acetylation in components C1, C2, and C3; oxidation of methionine 19 in all five components; all charge isomers having both a mono- and dimethylated (symmetric) arginine at position 106; deimination in arginines 23 and 47 found only in component C8b; deimination of arginine 96 and deamidation in glutamine 102 found in components C2, C3, C8a, and C8b; phosphorylation in threonine 97 restricted to charge components C2 and C3; deimination in arginine 161 only found in component C3; deamidation of glutamine 120 was only observed in C3. All four deiminated arginines and one acetylated lysine were first experimentally revealed in this study for bovine MBP. Mascot database searching combined with de novo sequence analysis of rattlesnake MBP provided more than 85% sequence coverage. A few PTMs were also revealed in rattlesnake MBP: mono- and dimethylated Arg, protein N-terminal acetylation, and deiminated Arg. Overall, snake MBP was found to undergo less modification than bovine MBP on the basis of the mass heterogeneity of the intact protein, the bottom-up structure analysis, and the limited complexity of rattlesnake MBP chromatography. The combined data from this study and information from previous studies extend the known MBP PTMs, and PTMs unique to higher vertebrates are proposed.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,352

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,078
Tête enseignante GPT0,370
Écart entre enseignants0,292 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations36
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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