Using linked markers to infer the age of a mutation
Notice bibliographique
Résumé
Advances in sequencing and genotyping technologies over the last decade have enabled geneticists to easily characterize genetic variation at the nucleotide level. Hundreds of genes harboring mutations associated with genetic disease have now been identified by positional cloning. Using variation at closely linked genetic markers, it is possible to predict the times in the past at which particular mutations arose. Such studies suggest that many of the rare mutations underlying human genetic disorders are relatively young. Studies of variation at genetic markers linked to particular mutations can provide insights into human geographic history, and historical patterns of natural selection and disease, that are not available from other sources. We review two approaches for estimating allele age using variation at linked genetic markers. A phylogenetic approach aims to reconstruct the gene tree underlying a sample of chromosomes carrying a particular mutation, obtaining a "direct" estimate of allele age from the age of the root of this tree. A population genetic approach relies on models of demography, mutation, and/or recombination to estimate allele age without explicitly reconstructing the gene tree. Phylogenetic methods are best suited for studies of ancient mutations, while population genetic methods are better suited for studies of recent mutations. Methods that rely on recombination to infer the ages of alleles can be fine-tuned by choosing linked markers at optimal map distances to maximize the information available about allele age. A limitation of methods that rely on recombination is the frequent lack of a fine-scale linkage map. Maximum likelihood and Bayesian methods for estimating allele age that rely on intensive numerical computation are described, as well as "composite" likelihood and moment-based methods that lead to simple estimators. The former provide more accurate estimates (particularly for large samples of chromosomes) and should be employed if computationally practical.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».