Abstract ES8-2: Breast Cancer Stroma: A Predictor of Clinical Outcome and Tumour Heterogeneity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Breast cancer heterogeneity is one of the principal obstacles both to predicting outcome and to determining an effective course of treatment for this disease. Individual cases demonstrate heterogeneity at multiple levels, including those parameters assessed by studies of gene expression, chromosomal aberrations, and classical and immuno-pathology. Although genomic technologies have been used to gain a better understanding of the impact of gene expression heterogeneity on breast cancer outcome by identifying gene expression signatures associated with clinical outcome, histopathological breast cancer subtypes, and a variety of cancer–related pathways and processes, relatively little is known about the effects of heterogeneity in the tumor microenvironment. We have addressed changes in stroma by analyzing changes in gene expression in stromal tissue associated with breast tumors when compared to normal breast tissue. We have integrated gene expression data from laser capture microdissected breast tumor stroma with matched normal stroma. Using this approach we have identified that the microenvironment of a breast tumor can be classified into one of six distinct molecular phenotypes exhibiting distinct biological functions and carrying prognostic information independent of existing therapeutic biomarkers and tumor subtypes. A trained predictor of 23 genes was developed and contains new information to stratify breast cancer subtypes. This is independent of clinical parameters and published predictors of outcome and identifies patients with poor outcome in multiple breast cancer expression data generated using using whole tissue. The stromal predictor selects poor outcome patients from multiple clinical subtypes of breast cancer and contains genes representing distinct biological features, including differential immune response, angiogenic response, as well as a hypoxic response. Elements of this signature are present in murine models of breast cancer. These results highlight the complex relationship between the tumor and its microenvironment, and underline the role that the stroma plays in tumor progression. These results demonstrate an important role for the tumor microenvironment in defining breast cancer heterogeneity, with a consequent impact upon clinical outcome. Novel therapies could be targeted at the processes that define the stroma classes, suggesting new avenues for the development of individualized treatment regimens. Citation Information: Cancer Res 2012;72(24 Suppl):Abstract nr ES8-2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».