Identification of transcripts modulated by ETV6 expression
Notice bibliographique
Résumé
Deletions at chromosome 12p12-13 are observed in 26-47% of childhood pre-B acute lymphoblastic leukaemia (ALL) cases, suggesting the presence of a tumour suppressor gene (TSG). Accumulating genetic and functional evidence points to ETV6 as being the most probable TSG targeted by the deletions. ETV6 is a ubiquitously expressed transcription factor of the ETS family with very few known targets. To understand its function and to elucidate the impact of its absence in leukaemia, we conducted a study to identify targeted genes. Following the induction of ETV6 expression, global expression was evaluated at different time points. We identified 87 modulated genes, of which 10 (AKR1C1, AKR1C3, IL18, LUM, PHLDA1, PTGER4, PTGS2, SPHK1, TP53 and VEGF) were validated by real-time quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction. To assess the significance of the validated candidate genes in leukaemia, their expression patterns were determined, as well as that of ETV6, in pre-B ALL patients. The expression of IL18, LUM, PTGER4, SPHK1 and TP53 was significantly correlated with that of ETV6, further suggesting that ETV6 could regulate the expression of these genes in leukaemia. This work constitutes another step towards the understanding of the functions of ETV6 and the impact of its inactivation in childhood leukaemia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».