Delineating the Secretome of Eleven Breast Cell Lines in the Quest for Novel Breast Cancer Biomarkers.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background: Close to 200,000 new cases of breast cancer are estimated in United States for 2009, rendering breast cancer the most frequently diagnosed cancer in women. Patients diagnosed with early stage breast cancer have significantly improved survival rates compared to late stage patients, underlining the need for identification of biomarkers for early detection. In this study the secretome of 11 breast cell lines was analyzed by tandem mass spectrometry to identify novel breast cancer biomarkers.Materials and Methods: To reflect disease heterogeneity, three cell lines for each breast cancer type (estrogen/ progesterone receptor positive, triple negative, HER2/neu amplified) along with two near-normal cell lines were selected (HCC-1428, BT483, MCF-7, MDA-MB-231, HCC-1143, HCC-38, SK-BR-3, HCC-202, UACC-812). The conditioned media were lyophilized to dryness and the proteins were denaturated, reduced and trypsin digested. The peptides were separated by strong cation chromatography and the resulted fractions were analyzed in a linear ion-trap coupled to an orbitrap mass analyser. All samples were run in duplicate and spectra were searched with Mascot and X!Tandem engines. Scaffold software was used to cross-validate Mascot and X!Tandem results.Results and Discussion: Over 800 unique proteins were identified in the conditioned media of each cell line, resulting in more than 4,000 proteins from the eleven breast cell lines. More than 40% of the proteins were identified with at least 2 unique peptides and the reproducibility between replicates of the same cell line was approximately 70-80%. Using an in-house developed program, we compared the proteomes of all the cell lines to distinguish unique and common proteins and we determined the cellular localization and the biological function for each protein. Then, we focused on extracellular and plasma membrane proteins, which constitute approximately 30% of total proteins, since secreted or shed proteins are more likely to enter the circulation and serve as potential biomarkers. This list of candidates was compared to the existing nipple aspirate fluid proteome to select proteins that have been also detected in breast microenvironment. These proteins were further analyzed based on Unigene database and appropriate literature to select the final list of 10 candidates for validation by immunoassays. Citation Information: Cancer Res 2009;69(24 Suppl):Abstract nr 2137.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».