Nomenclature update for the mammalian UDP glycosyltransferase (UGT) gene superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Several novel UDP glycosyltransferase (UGT) genes, mainly UDP glucuronosyltransferases, have been identified in the human, mouse and rat genomes and in other mammalian species. This review provides an update of the UGT nomenclature to include these new genes and prevent the confusion that arises when the same gene is given different names. The new genes are named following previously established recommendations, taking into consideration evolutionary relatedness and the names already in general usage in the literature. The mammalian UGT gene superfamily currently has 117 members that can be divided into four families, UGT1, UGT2, UGT3 and UGT8. The 5-exon genes of the UGT1 family each contain a unique first exon, plus four exons that are shared between the genes; the exons 1 appear to have evolved by a process of duplication, leading to the synthesis of proteins with identical carboxyl-terminal and variable amino-terminal domains. Exon-sharing is also seen with the 6-exon UGT2A1 and UGT2A2 genes. However, UGT2A3 and those of the UGT2B (six exons), UGT3 (seven exons) and UGT8 gene families (five or six exons) do not share exons and most likely were derived by a process of duplication of all exons in the gene. Most UGT1 and UGT8 enzymes have been characterized in detail; however, the catalytic functions of the UGT3A enzymes and several UGT2 enzymes remain to be characterized.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».