A Multiplex qPCR Assay for Detection and Quantification of <i>Plasmodiophora brassicae</i> in Soil
Notice bibliographique
Résumé
Various physical and chemical factors in soil can inhibit the detection and quantification of soilborne plant pathogens using quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays. A multiplexed TaqMan qPCR assay, including a competitive internal positive control (CIPC), was developed to identify and (where necessary) compensate for inhibition in the quantification of resting spores of Plasmodiophora brassicae from soil. The CIPC amplicon was developed by modifying a sequence coding for green fluorescent protein so that it could be amplified with P. brassicae-specific primers. Addition of CIPC at 5 fg/μl to the singleplex qPCR assay designed to quantify P. brassicae genomic DNA did not reduce the sensitivity, specificity, or reproducibility of the assay. Each of the soil samples, either artificially inoculated or naturally infested with P. brassicae, exhibited no amplification of the CIPC. When the samples were diluted and reassessed, the quantification cycle of the CIPC relative to the control (water only) was delayed in each sample. The magnitude of the delay was used to adjust the estimate of resting spore concentration. The corrected concentration estimates were significantly higher than the unadjusted estimate, which indicated the presence of DNA inhibitors in samples even after dilution. The only exception was a mineral soil sample inoculated with a low concentration (103 spores/g) of resting spores. The assay was optimized for use on a range of soil types. A sample of 0.25 g for mineral soil and 0.10 g for high-organic-matter soil was optimum for recovery of DNA of P. brassicae. The assay represents an improvement over existing assays for estimating resting spore concentration in infested fields.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».