Characterization of Antimicrobial Resistance in <i>Enterococcus</i> spp. Recovered from a Commercial Beef Processing Plant
Notice bibliographique
Résumé
The objective of this study was to characterize antimicrobial resistance in Enterococcus spp. recovered from a commercial beef processing plant. Samples were obtained from conveyers used for moving carcasses before the start of operation (CC), 2 h after operation has started (DC), and from ground beef (GB). Randomly selected isolates from each positive sample (13 from CC; 28 from DC; 26 from GB) were confirmed to genus and species levels using PCR and the API 20 Strep kit (BioMérieux Canada, Inc., St. Laurent, Canada). A total of 199 isolates comprising 39, 84, and 76 from CC, DC, and GB, respectively, were used for antimicrobial resistance testing, major resistance genes detection, and genetic analysis. Enterococcus faecalis (87%) was the most common species found followed by Enterococcus faecium (10%). The majority of enterococci were highly associated with DC samples. About 42% of E. faecium from DC samples were resistant to quinupristin-dalfopristin. Resistance to lincomycin was observed in >90% of E. faecalis from all the three sample sources. The tetracycline-resistant enterococci (52%) were significantly higher in DC samples. Intermediate resistance to erythromycin was significantly higher in enterococci from CC and DC samples. The tetracycline and quinupristin-dalfopristin resistance in enterococci was highly correlated with the presence of tet(M) and vat(E) genes. The erm(B) gene was found in about 50% of the E. faecium isolates from GB samples and was also present in >12% of the E. faecalis isolates from all the three sample sources. Enterococci from individual sample sources were genetically similar. A number of E. faecalis from CC, DC, and GB were clustered together at >85% similarity level. These findings suggest that antimicrobial-resistant Enterococcus spp. are prevalent during commercial beef processing and can transfer between various locations in the plant and that a pool of resistance genes can be found in these enterococci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».