A DFT Study of Nucleobase Dealkylation by the DNA Repair Enzyme AlkB
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Oxidative dealkylation is a unique mechanistic pathway found in the alpha-ketoglutarate-Fe(II)-dependent AlkB family of enzymes to remove the alkylation damage to DNA bases and regenerate nucleobases to their native state. The B3LYP density functional combined with a self-consistent reaction field was used to explore the triplet, quintet, and septet spin-state potential energy surfaces of the multistep catalytic mechanism of AlkB. The mechanism was found to consist of four stages. First, binding of dioxygen to iron in the active-site complex occurs concerted with electron transfer, thereby yielding a ferric-superoxido species. Second, competing initiation for the activation of oxygen to generate the high-valent iron-oxygen intermediates (ferryl-oxo Fe(IV)O and ferric-oxyl Fe(III)O(*) species) was found to occur on the quintet and septet surfaces. Then, conformational reorientation of the activated iron-oxygen ligand was found to be nearly thermoneutral with a barrier of ca. 50 kJ mol(-1). The final stage is the oxidative dealkylation of the damaged nucleobase with the rate-controlling step being the abstraction of a hydrogen atom from the damaging methyl group by the ferryl-oxo ligand. For this step, the calculated barrier of 87.4 kJ mol(-1) is in good agreement with the experimental activation energy of ca. 83 kJ mol(-1) for the enzyme-catalyzed reaction.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle