Comparative analysis of different TaqMan real-time RT-PCR assays for the detection of swine Hepatitis E virus and integration of Feline calicivirus as internal control
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: The aim of this study was to compare the performance of four TaqMan RT-PCR assays with a commonly used nested RT-PCR and to include the Feline calicivirus (FCV) as an internal control. METHODS AND RESULTS: RNA extracted from 87 swine faecal samples and 103 swine blood samples was subjected to different detection systems. Faecal samples naturally contaminated with Hepatitis E virus (HEV) and negative samples were artificially inoculated with 3.2 x 10(3) PFU of FCV. Detection results obtained on faecal and plasma samples were 35.6% and 4.9% with the nested RT-PCR assay, 8.0% and 0%, 0% and 0%, 13.8% and 0% and 36.8% and 3.9% with TaqMan systems A, B, C and D respectively. The Ct means obtained with the multiplex TaqMan assay were 30.11 and 30.43 for the detection of FCV with HEV contaminated samples and negative samples. CONCLUSIONS: The TaqMan system D was more suitable for the detection of swine HEV strains than the three others and FCV was integrated successfully as an internal control. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: FCV was demonstrated as an efficient control to monitor the RNA extraction process and HEV amplification procedure in a multiplex HEV/FCV TaqMan assay. This control would be helpful in limiting false negative results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».