Identify Biomarkers of Neuropsychiatric Systemic Lupus Erythematosus by Matrix-assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry Combined with Weak Cation Magnetic Beads
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To identify proteomic biomarkers in cerebrospinal fluid (CSF) and develop a diagnostic proteomic model for neuropsychiatric systemic lupus erythematosus (NPSLE). METHODS: CSF proteomic spectra were generated by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) combined with weak cation exchange (WCX) magnetic beads. The spectra were taken from 27 patients with NPSLE before and after treatment, and 27 controls including 17 patients with scoliosis and 10 patients with SLE but without neuropsychiatric manifestation. Discriminating peaks were processed by Biomarker Patterns Software to build a decision tree model for NPSLE classification. In addition, CSF samples of 12 patients with NPSLE, 12 patients with lumbar disc herniation, and 9 patients with other neurological conditions were used as a blind test group to verify the accuracy of the model. RESULTS: Twelve discriminating mass-to-charge (m/z) peaks were identified between NPSLE and controls: m/z peaks 7740, 11962, 8065, 7661, 6637, 5978, 11384, 11744, 8595, 10848, 7170, and 5806. The diagnostic decision tree model, built with a panel of m/z peaks 8595, 7170, 7661, 7740, and 5806, recognized NPSLE with both sensitivity and specificity of 92.6%, based on training group samples, and sensitivity and specificity of 91.7% and 85.7%, respectively, based on the blind test group. In addition, the root node m/z peak 8595 protein, which was downregulated in the CSF of patients with NPSLE after treatment, was identified and confirmed as ubiquitin by immunoprecipitation and ELISA. CONCLUSION: Potential CSF biomarkers for NPSLE are identified by MALDI-TOF-MS combined with WCX magnetic beads. The novel diagnostic proteomic model with m/z peaks 8595, 7170, 7661, 7740, and 5806 is highly sensitive and relatively specific for NPSLE diagnosis. The level of ubiquitin in CSF is a promising biomarker for active NPSLE.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».