RNAi screen identifies Jarid1b as a major regulator of mouse HSC activity
Notice bibliographique
Résumé
Histone methylation is a dynamic and reversible process proposed to directly impact on stem cell fate. The Jumonji (JmjC) domain-containing family of demethylases comprises 27 members that target mono-, di-, and trimethylated lysine residues of histone (or nonhistone) proteins. To evaluate their role in regulation of hematopoietic stem cell (HSC) behavior, we performed an in vivo RNAi-based functional screen and demonstrated that Jarid1b and Jhdm1f play opposing roles in regulation of HSC activity. Decrease in Jarid1b levels correlated with an in vitro expansion of HSCs with preserved long-term in vivo lymphomyeloid differentiation potential. Through RNA sequencing analysis, Jarid1b knockdown was associated with increased expression levels of several HSC regulators (Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hes1, Gata2) and reduced levels of differentiation-associated genes. shRNA against Jhdmlf, in contrast, impaired hematopoietic reconstitution of bone marrow cells. Together, our studies identified Jarid1b as a negative regulator of HSC activity and Jhdmlf as a positive regulator of HSC activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».