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Enregistrement W2062382337 · doi:10.1089/vim.2006.19.747

Transcriptional Analysis of Host Responses to Marek's Disease Viral Infection

2006· article· en· W2062382337 sur OpenAlexafffund
Aimie J. Sarson, Mohamed Faizal Abdul-Careem, Huaijun Zhou, Shayan Sharif

Notice bibliographique

RevueViral Immunology · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHerpesvirus Infections and Treatments
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésBiologyGeneMicroarray analysis techniquesHousekeeping geneMicroarrayGene expressionFold changeGene expression profilingImmune systemReal-time polymerase chain reactionSTAT1VirusMarek's diseaseGranzyme BVirologyMolecular biologyImmunologyGeneticsCD8

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This study was aimed at investigating the genes that control host responses to Marek's disease virus (MDV). Spleen tissues from infected and age-matched uninfected control chickens were examined 4, 7, 14, and 21 d postinfection for gene expression differences, using both microarray and quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) methodologies. Up to 51% of genes assayed during microarray analysis showed a significant change (p < or = 0.05) in expression after MDV infection, of which cell surface molecules, transcription and signal transduction molecules, housekeeping and metabolism mediators, and cytokines and cytokine receptors were most commonly differentially expressed. Setting a fold change threshold (> or =2), 14 of 84 genes showed differential expression over time. In addition, some genes showed differential expression at more than one time point. For example, the granzyme-A homolog gene remained upregulated in infected chickens, with fold changes of 7.98, 13.91, and 9.07 at 7, 14, and 21 d postinfection, respectively. Other genes that were differentially expressed at more than one time point were invariant chain, IgM, and CD3. Quantitative real-time PCR analysis was used to validate microarray results for a subset of genes showing a :2-fold change in expression. Expression of all but one gene (CD28) was confirmed. Identification of genetic mechanisms initiated by in vivo infection with MDV expands the current understanding of immune response to the virus in addition to host response elements associated with viral pathogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,148
Score d'incertitude au seuil0,513

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2006
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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