Conformations of Serine in Aqueous Solutions as Revealed by Vibrational Circular Dichroism
Notice bibliographique
Résumé
Vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy is utilized to reveal the detailed conformational distributions of the dominant serine species in aqueous solutions under three representative pH conditions of 1.0, 5.7, and 13.0, together with vibrational absorption (VA) spectroscopy, density functional theory (DFT), and molecular dynamics simulation. The experimental VA and VCD spectra of serine in H(2)O and D(2)O in the fingerprint region under three pH values are obtained. DFT calculations at the B3LYP/6-311++G(d,p) level are carried out for the protonated, zwitterionic, and deprotonated serine species. The lowest-energy conformers of all three species are identified and their corresponding VA and VCD spectra simulated. A comparison between the gas-phase simulations and the experimental VA and VCD spectra suggests that one or two of the most stable conformers of each species contribute predominantly to the observed data, although some discrepancies are noted. To account for the solvent effects, both the polarizable continuum model and the explicit solvation model are considered. Hydrogen-bonded protonated, zwitterionic, and deprotonated serine-(water)(6) clusters are constructed based on radial distribution function analyses and molecular dynamics snapshots. Geometry optimization and VA and VCD simulations are performed for these clusters at the B3LYP/6-311++G(d,p) level. Inclusion of the explicit water molecules is found to improve the agreement between theory and experiment noticeably in all three cases, thus enabling conclusive conformational distribution analyses of serine in aqueous solutions directly.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».