Investigation of Rheumatoid Arthritis Genetic Susceptibility Markers in the Early Rheumatoid Arthritis Study Further Replicates the <i>TRAF1</i> Association with Radiological Damage
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: The TRAF1 genetic region conferring susceptibility to rheumatoid arthritis (RA) has been reported to associate with radiological damage. We aimed to test RA genetic susceptibility markers for association with a continuous measure of radiological damage over time using longitudinal modeling techniques. METHODS: Sixty-seven RA susceptibility variants were genotyped in 474 patients in the Early Rheumatoid Arthritis Study (ERAS) using Sequenom MassArray technology. Correlation between genetic markers and Larsen score was assessed longitudinally using zero-inflated negative binomial regression to include repeat measurements in the same individual at different timepoints. Genetic markers associated with radiological damage in ERAS were tested using the same modeling techniques on previously published data from the Norfolk Arthritis Register (NOAR). RESULTS: The single marker associated longitudinally with Larsen score in ERAS (p = 0.02) and in NOAR (p = 0.04) was rs2900180 at the TRAF1 locus. Analysis of individual timepoints in ERAS showed that rs2900180 displays its effect primarily on the extent of Larsen score early in the disease course. Combined longitudinal analysis of the 2 cohorts suggests further association of several loci with Larsen score (KIF5A, PTPN22, AFF3, TAGAP) and therefore a significant accumulation of RA severity markers among RA susceptibility markers (p = 0.016). CONCLUSION: The marker rs2900180 is associated with the extent of radiological damage in the ERAS cohort. This represents the second independent study correlating rs2900180 at the TRAF1 locus with radiological severity in RA. Replication in a large dataset is required to establish the role of other RA susceptibility loci in disease severity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».