Cultivated<i>Beggiatoa</i>spp. define the phylogenetic root of morphologically diverse, noncultured, vacuolate sulfur bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Within the last 10 years, numerous SSU rRNA sequences have been collected from natural populations of conspicuous, vacuolate, colorless sulfur bacteria, which form a phylogenetically cohesive cluster (large-vacuolate sulfur bacteria clade) in the gamma-Proteobacteria. Currently, this clade is composed of four named or de facto genera: all known Thioploca and Thiomargarita strains, all vacuolate Beggiatoa strains, and several strains of vacuolate, attached filaments, which bear a superficial similarity to Thiothrix. Some of these vacuolate bacteria accumulate nitrate for respiratory purposes. This clade encompasses the largest known prokaryotic cells (Thiomargarita namibiensis) and several strains that are important in the global marine sulfur cycle. Here, we report additional sequences from five pure culture strains of Beggiatoa spp., including the only two cultured marine strains (nonvacuolate), which firmly establish the root of this vacuolate clade. Each of several diverse metabolic motifs, including obligate and facultative chemolithoautotrophy, probable mixotrophy, and seemingly strict organoheterotrophy, is represented in at least one of the nonvacuolate strains that root the vacuolate clade. Because the genus designation Beggiatoa is interspersed throughout the vacuolate clade along with other recognized or de facto genera, the need for taxonomic revision is clear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».