Crystal Structure of a Fragment of Mouse Ubiquitin-activating Enzyme
Notice bibliographique
Résumé
Protein ubiquitination requires the sequential activity of three enzymes: a ubiquitin-activating enzyme (E1), a ubiquitin-conjugating enzyme (E2), and a ubiquitin-ligase (E3). The ubiquitin-transfer machinery is hierarchically organized; for every ubiquitin-activating enzyme, there are several ubiquitin-conjugating enzymes, and most ubiquitin-conjugating enzymes can in turn interact with multiple ubiquitin ligases. Despite the central role of ubiquitin-activating enzyme in this cascade, a crystal structure of a ubiquitin-activating enzyme is not available. The enzyme is thought to consist of an adenylation domain, a catalytic cysteine domain, a four-helix bundle, and possibly, a ubiquitin-like domain. Its adenylation domain can be modeled because it is clearly homologous to the structurally known adenylation domains of the activating enzymes for the small ubiquitin-like modifier (SUMO) and for the protein encoded by the neuronal precursor cell-expressed, developmentally down-regulated gene 8 (NEDD8). Low sequence similarity and vastly different domain lengths make modeling difficult for the catalytic cysteine domain that results from the juxtaposition of two catalytic cysteine half-domains. Here, we present a biochemical and crystallographic characterization of the two half-domains and the crystal structure of the larger, second catalytic cysteine half-domain of mouse ubiquitin-activating enzyme. We show that the domain is organized around a conserved folding motif that is also present in the NEDD8- and SUMO-activating enzymes, and we propose a tentative model for full-length ubiquitin-activating enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».