Crystal Structure of a Fragment of Mouse Ubiquitin-activating Enzyme
Notice bibliographique
Résumé
Protein ubiquitination requires the sequential activity of three enzymes: a ubiquitin-activating enzyme (E1), a ubiquitin-conjugating enzyme (E2), and a ubiquitin-ligase (E3). The ubiquitin-transfer machinery is hierarchically organized; for every ubiquitin-activating enzyme, there are several ubiquitin-conjugating enzymes, and most ubiquitin-conjugating enzymes can in turn interact with multiple ubiquitin ligases. Despite the central role of ubiquitin-activating enzyme in this cascade, a crystal structure of a ubiquitin-activating enzyme is not available. The enzyme is thought to consist of an adenylation domain, a catalytic cysteine domain, a four-helix bundle, and possibly, a ubiquitin-like domain. Its adenylation domain can be modeled because it is clearly homologous to the structurally known adenylation domains of the activating enzymes for the small ubiquitin-like modifier (SUMO) and for the protein encoded by the neuronal precursor cell-expressed, developmentally down-regulated gene 8 (NEDD8). Low sequence similarity and vastly different domain lengths make modeling difficult for the catalytic cysteine domain that results from the juxtaposition of two catalytic cysteine half-domains. Here, we present a biochemical and crystallographic characterization of the two half-domains and the crystal structure of the larger, second catalytic cysteine half-domain of mouse ubiquitin-activating enzyme. We show that the domain is organized around a conserved folding motif that is also present in the NEDD8- and SUMO-activating enzymes, and we propose a tentative model for full-length ubiquitin-activating enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».