Abstract 92: dbCPCO: The database of genetic predictive and prognostic factors in colorectal cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Colorectal cancer is the third most common cancer in the North America with a 5-year survival rate of ∼65%. A portion of the inter-patient variability in disease outcome in colorectal cancer patients is attributed to inherited and somatic genetic factors. Identification of these genetic factors helps implementing personalized medicare to improve the chances of cure in patients. While numerous research articles have investigated the genetic basis of clinical outcome in colorectal cancer, there has not been a central resource, such as a public database, that compiles these findings in a systematic, comprehensive and concise way. Here we describe the dbCPCO, a database of genetic factors investigated in relation to clinicopathological characteristics and clinical outcome (i.e. treatment response and toxicity, prognosis and survival) in colorectal cancer. Methods: Literature reports were retrieved from PUBMED. The data that met the inclusion criteria were compiled in a relational database and posted in a dedicated website. Results: The genetic factors included the inherited genetic polymorphisms, somatic and germline mutations in both nuclear and mitochondrial DNA. As of November 2009, the dbCPCO website posts 610 scientific findings on >300 polymorphisms, somatic and germline mutations from 146 genes tested for correlation with clinicopathological and/or clinical outcome in colorectal cancer. Conclusion: The dbCPCO is a unique and comprehensive database that compiles literature findings on the genetic basis of disease phenotype and clinical outcome in colorectal cancer and will be instrumental in expediting personalized medicine and further research in this disease. The dbCPCO is updated periodically and is freely available for the scientific and medical community at http://www.med.mun.ca/cpco/Default.aspx. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 92.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,028 | 0,045 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,030 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».