Microfluidic Patterning of Miniaturized DNA Arrays on Plastic Substrates
Notice bibliographique
Résumé
This paper describes the patterning of DNA arrays on plastic surfaces using an elastomeric, two-dimensional microcapillary system (muCS). Fluidic structures were realized through hot-embossing lithography using Versaflex CL30. Like elastomers based on poly(dimethylsiloxane), this thermoplastic block copolymer is able to seal a surface in a reversible manner, making it possible to confine DNA probes with a level of control that is unparalleled using standard microspotting techniques. We focus on muCSs that support arrays comprising up to 2 x 48 spots, each being 45 mum in diameter. Substrates were fabricated from two hard thermoplastic materials, poly(methylmethacrylate) and a polycyclic olefin (e.g., Zeonor 1060R), which were both activated with 1-ethyl-3-[3-(dimethylamino)propyl]carbodiimide hydrochloride and N-hydroxysuccinimide to mediate covalent attachment of DNA molecules. The approach was exemplified by using 0.25-32 muM solutions of amino-modified oligonucleotides labeled with either Cy3 or Cy5 fluorescent dye in phosphate-buffered saline, allowing for a direct and sensitive characterization of the printed arrays. Solutions were incubated for durations of 1 to >48 h at 22, 30, and 40 degrees C to probe the conditions for obtaining uniform spots of high fluorescence intensity. The length (l) and depth (d) of microfluidic supply channels were both important with respect to depletion as well as evaporation of the solvent. While selective activation of the substrate proved helpful to limit unproductive loss of oligonucleotides along trajectories, incubation of solution in a humid environment was necessary to prevent uncontrolled drying of the liquid, keeping the immobilization process intact over extended periods of time. When combined, these strategies effectively promoted the formation of high-quality DNA arrays, making it possible to arrange multiple probes in parallel with a high degree of uniformity. Moreover, we show that resultant arrays are compatible with standard hybridization protocols, which allowed for reliable discrimination of individual strands when exposed to a specific ssDNA target molecule.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».