Differences in nucleotide specificity and catalytic mechanism between Vibrio harveyi aldehyde dehydrogenase and other members of the aldehyde dehydrogenase superfamily
Notice bibliographique
Résumé
The fatty aldehyde dehydrogenase (Vh-ALDH) isolated from the luminescent bacterium, Vibrio harveyi, differs from other aldehyde dehydrogenases in its high affinity for NADP(+). The binding of NADP(+) appears to arise from the interaction of the 2'-phosphate of the adenosine moiety of NADP(+) with a threonine (T175) in the nucleotide recognition site just after the beta(B) strand as well as with an arginine (R210) that pi stacks over the adenosine moiety. The active site of Vh-ALDH contains the usual suspects of a cysteine (C289), two glutamates (E253 and E377) and an asparagine (N147) involved in the aldehyde dehydrogenase mechanism. However, Vh-ALDH has one polar residue in the active site that distinguishes it from other ALDHs; a histidine (H450) is in close contact with the cysteine nucleophile. As a glutamate has been implicated in promoting the nucleophilicity of the active site cysteine residue in ALDHs, the close contact of a histidine with the cysteine nucleophile in Vh-ALDH raises the possibility of alternate routes to increase the reactivity of the cysteine nucleophile. The effects of mutation of these residues on the different functions catalyzed by Vh-ALDH including acylation, (thio)esterase, reductase and dehydrogenase activities should help define the specific roles of the residues in the active site of ALDHs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».