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Enregistrement W2063675796 · doi:10.1002/ajmg.a.36887

Characterization of human disease phenotypes associated with mutations in <i>TREX1</i>, <i>RNASEH2A</i>, <i>RNASEH2B</i>, <i>RNASEH2C</i>, <i>SAMHD1</i>, <i>ADAR</i>, and <i>IFIH1</i>

2015· article· en· W2063675796 sur OpenAlexaff
Yanick J. Crow, Diana Chase, Johanna L. Schmidt, Marcin Szynkiewicz, Gabriella Forte, Hannah Gornall, Anthony Oojageer, Beverley Anderson, Amy Pizzino, Guy Helman, Mohamed S. Abdel‐Hamid, Ghada M. H. Abdel‐Salam, Sam Ackroyd, Alec Aeby, Guillermo Agosta, Catherine S. W. Albin, Stavit A. Shalev, Montse Arellano, Giada Ariaudo, Vijay Aswani, Riyana Babul‐Hirji, Eileen Baildam, Nadia Bahi‐Buisson, Kathryn Bailey, Christine Barnérias, Magalie Barth, Roberta Battini, Michael W. Beresford, Geneviève Bernard, Marika Bianchi, Thierry Billette de Villemeur, Edward Blair, Miriam Bloom, Alberto Burlina, Maria Luisa Carpanelli, Daniel R. Carvalho, Manuel Castro‐Gago, Anna Cavallini, Cristina Cereda, Kate Chandler, David Chitayat, Abigail E. Collins, Concepción Sierra Córcoles, Nuno Cordeiro, Giovanni Crichiutti, Lyvia Dabydeen, Russell C. Dale, Stefano D’Arrigo, Christian G E L De Goede, Corinne De Laet, Liesbeth M. H. De Waele, Inés María Denzler, Isabelle Desguerre, Koenraad Devriendt, Maja Di Rocco, Michael Fahey, Elisa Fazzi, Colin D. Ferrie, António Figueiredo, Blanca Gener, Cyril Goizet, Nirmala Gowrinathan, Kalpana Gowrishankar, Donncha Hanrahan, Bertrand Isidor, Bülent Kara, Naz Khan, Mary D. King, Edwin P. Kirk, Ram Kumar, Lieven Lagae, P. Landrieu, Heinz Lauffer, Vincent Laugel, Roberta La Piana, Ming Lim, Jean‐Pierre Lin, Tarja Linnankivi, Mark T. Mackay, Daphna Marom, Charles Marques Lourenço, Shane McKee, Isabella Moroni, Jenny E.V. Morton, Marie‐Laure Moutard, Kevin Murray, Rima Nabbout, Sheela Nampoothiri, Noemí Núñez‐Enamorado, P.J. Oades, Ivana Olivieri, John R. Østergaard, Belén Pérez‐Dueñas, Julie Prendiville, Venkateswaran Ramesh, Magnhild Rasmussen, Luc Régal, Federica Ricci, Marlène Rio, Diana Rodriguez, Agathe Roubertie, E. Salvatici, Karin Segers, G Sinha, Doriette Soler, Ronen Spiegel, Tommy Stödberg, Rachel Straussberg, Kathryn J. Swoboda, Mohnish Suri, Uta Tacke, Tiong Yang Tan, Johann te Water Naudé, Keng Wee Teik, Maya Thomas, Marianne Till, Davide Tonduti, Enza Maria Valente, Rudy N. Van Coster, Marjo S. van der Knaap, Grace Vassallo, Raymon Vijzelaar, Julie Vogt, Geoffrey Wallace, Evangeline Wassmer, Hannah J. Webb, William Whitehouse, Robyn Whitney, Maha S. Zaki, Sameer M. Zuberi, John H. Livingston, Flore Rozenberg, Pierre Lebon, Adeline Vanderver, Simona Orcesi, Gillian Rice

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensMcMaster UniversityMcMaster Children's HospitalMount Sinai HospitalMcGill UniversityBC Children's HospitalMontreal Neurological Institute and HospitalUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenMontreal Children's Hospital
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesAgence Nationale de la RechercheEuropean Commission
Mots-clésMedicineEncephalopathyCompound heterozygosityPathologyInternal medicineImmunologyPhenotypeGastroenterologyGeneBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aicardi-Goutières syndrome is an inflammatory disease occurring due to mutations in any of TREX1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, SAMHD1, ADAR or IFIH1. We report on 374 patients from 299 families with mutations in these seven genes. Most patients conformed to one of two fairly stereotyped clinical profiles; either exhibiting an in utero disease-onset (74 patients; 22.8% of all patients where data were available), or a post-natal presentation, usually within the first year of life (223 patients; 68.6%), characterized by a sub-acute encephalopathy and a loss of previously acquired skills. Other clinically distinct phenotypes were also observed; particularly, bilateral striatal necrosis (13 patients; 3.6%) and non-syndromic spastic paraparesis (12 patients; 3.4%). We recorded 69 deaths (19.3% of patients with follow-up data). Of 285 patients for whom data were available, 210 (73.7%) were profoundly disabled, with no useful motor, speech and intellectual function. Chilblains, glaucoma, hypothyroidism, cardiomyopathy, intracerebral vasculitis, peripheral neuropathy, bowel inflammation and systemic lupus erythematosus were seen frequently enough to be confirmed as real associations with the Aicardi-Goutieres syndrome phenotype. We observed a robust relationship between mutations in all seven genes with increased type I interferon activity in cerebrospinal fluid and serum, and the increased expression of interferon-stimulated gene transcripts in peripheral blood. We recorded a positive correlation between the level of cerebrospinal fluid interferon activity assayed within one year of disease presentation and the degree of subsequent disability. Interferon-stimulated gene transcripts remained high in most patients, indicating an ongoing disease process. On the basis of substantial morbidity and mortality, our data highlight the urgent need to define coherent treatment strategies for the phenotypes associated with mutations in the Aicardi-Goutières syndrome-related genes. Our findings also make it clear that a window of therapeutic opportunity exists relevant to the majority of affected patients and indicate that the assessment of type I interferon activity might serve as a useful biomarker in future clinical trials.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations613
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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