A functional relationship between helix 1 and the 900 tetraloop of 16S ribosomal RNA within the bacterial ribosome
Notice bibliographique
Résumé
The conserved 900 tetraloop that caps helix 27 of 16S ribosomal RNA (rRNA) interacts with helix 24 of 16S rRNA and also with helix 67 of 23S rRNA, forming the intersubunit bridge B2c, proximal to the decoding center. In previous studies, we investigated how the interaction between the 900 tetraloop and helix 24 participates in subunit association and translational fidelity. In the present study, we investigated whether the 900 tetraloop is involved in other undetected interactions with different regions of the Escherichia coli 16S rRNA. Using a genetic complementation approach, we selected mutations in 16S rRNA that compensate for a 900 tetraloop mutation, A900G, which severely impairs subunit association and translational fidelity. Mutations were randomly introduced in 16S rRNA, using either a mutagenic XL1-Red E. coli strain or an error-prone PCR strategy. Gain-offunction mutations were selected in vivo with a specialized ribosome system. Two mutations, the deletion of U12 and the U12C substitution, were thus independently selected in helix 1 of 16S rRNA. This helix is located in the vicinity of helix 27, but does not directly contact the 900 tetraloop in the crystal structures of the ribosome. Both mutations correct the subunit association and translational fidelity defects caused by the A900G mutation, revealing an unanticipated functional interaction between these two regions of 16S rRNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».