Analysis of ITS1 and ITS2 sequences in <i>Ensis</i> razor shells: suitability as molecular markers at the population and species levels, and evolution of these ribosomal DNA spacers
Notice bibliographique
Résumé
Internal transcribed spacer 1 and 2 (ITS1 and ITS2) sequences were analysed in Ensis razor shells (Mollusca: Bivalvia: Pharidae). We aimed to (1) test ITS1 and ITS2 as molecular markers at the population level in the successful alien E. directus (Conrad, 1843); (2) test these spacers at the species level in E. directus and three other Ensis species, E. siliqua (L., 1758), E. macha (Molina, 1782), and E. magnus (Schumacher, 1817); and (3) analyse the evolutionary processes that may be shaping Ensis ITS1 and ITS2 extant variation. In E. directus, despite the intragenomic divergence detected, ITS1 and ITS2 were informative in differentiating the geographic areas considered (Denmark and Canada) by means of both the insertion-deletion polymorphism and the nucleotide polymorphism. In this species, the 5.8S ribosomal gene (5.8S) showed scarce polymorphism. At the species level, maximum parsimony and maximum likelihood analyses revealed that ITS1 and ITS2 may be suitable to reconstruct Ensis phylogenetic relationships. Finally, the evolutionary models that best fit the long-term evolution of Ensis ITS1-5.8S-ITS2 are discussed. A mixed process of concerted evolution, birth-and-death evolution, and selection is chosen as an option that may reconcile the long-term evolution of Ensis ITS1-5.8S-ITS2 and 5S ribosomal DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».