Mechanistic Analysis of the Blood Group Antigen-Cleaving <i>endo</i>-β-Galactosidase from <i>Clostridium perfringens</i>
Notice bibliographique
Résumé
The A and B antigens are of vital importance in blood transfusion and organ transplantation. The specificity of EABase, an endo-beta-galactosidase from C. perfringens, toward the cleavage of A and B trisaccharides from glycoconjugates is unique and holds significant potential for use in modifying blood group antigens on cell surfaces. The mechanism of this enzyme and others in its family (GH98) and the identities of its catalytic residues have not previously been experimentally determined. Direct 1H NMR analysis of the hydrolysis of a synthetic substrate, DNP-beta-A-trisaccharide, by EABase revealed that EABase is an inverting endo-beta-galactosidase. Both activated and nonactivated substrates were used to kinetically characterize EABase and its mutants (E354A, D429A, D453A, E467A, and E506A) at pH 6.0, 37 degrees C. Hydrolysis of DNP-beta-A-trisaccharide by EABase follows normal Michaelis-Menten kinetics with an apparent KM of 64 +/- 3 microM and a k(cat) of 105 +/- 5 min(-1). Mutation of two putative active site residues, D453 and E506, to alanine resulted in complete loss of activity, strongly suggesting that one or both of these residues functions as the base catalyst. The kinetic data also strongly suggest that E354 is the acid catalyst since the activity of the E354A mutant with nonactivated natural substrates is 1100-fold lower than that of the wild type enzyme, while its activity is only 10-fold lower when assayed with an activated aryl glycoside substrate (DNP-beta-A-trisaccharide). Further support is obtained through comparison of pH profiles for the wild type and E354A mutants: mutation of the acid catalyst eliminates the basic limb from the bell-shaped pH-dependence of k(cat)/KM seen for the wild type enzyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».