A miRNA-tRNA mix-up: tRNA origin of proposed miRNA.
Notice bibliographique
Résumé
The rapid release of new data from DNA genome sequencing projects has led to a variety of misannotations in public databases. Our results suggest that next generation sequencing approaches are particularly prone to such misannotations. Two related miRNA candidates did recently enter the miRBase database, miR-1274b and miR-1274a, but they share identical 18-nucleotide stretches with tRNA (Lys3) and tRNA (Lys5) , respectively. The possibility that the small RNA fragments that led to the description of these two miRNAs originated from the two tRNAs was examined. The ratio of the miR-1274b:miR-1274a fragments does closely resemble the known tRNA lys3:lys5 ratio in the cell. Furthermore, the proposed miRNA hairpins have a very low prediction score and the proposed miRNA genes are in fact endogenous retroviral elements. We searched for other miRNA-mimics in the human genome and found more examples of tRNA-miRNA mimicry. We propose that the corresponding miRNAs should be validated in more detail, as the small RNA fragments that led to their description are likely derived from tRNA processing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».