Double-Hairpin Elements in the Mitochondrial DNA of Allomyces: Evidence for Mobility
Notice bibliographique
Résumé
The mitochondrial DNA (mtDNA) of the chytridiomycete fungus Allomyces macrogynus contains 81 G+C-rich sequence elements that are 26-79 bases long and can be folded into a unique secondary structure consisting of two stem-loops. At the primary sequence level, the conservation of these double-hairpin elements (DHEs) is variable, ranging from marginal to complete identity. Forty of these DHEs are inserted in intergenic regions, 35 in introns, and 6 in variable regions of rRNA genes. Ten DHEs are inserted into other DHE elements (twins); two even form triplets. A comparison of DHE sequences shows that loop regions contain more sequence variation than helical regions and that the latter often contain compensatory base changes. This suggests a functional importance of the DHE secondary structure. We further identified nine DHEs in a 4-kb region of Allomyces arbusculus, a close relative of A. macrogynus. Eight of these DHEs are highly similar in sequence (90%-100%) to those in A. macrogynus, but only five are inserted at the same positions as in A. macrogynus. Interestingly, DHEs are also found in the mtDNAs of other chytridiomycetes, as well as certain zygomycete and ascomycete fungi. The overall distribution pattern of DHEs in fungal mtDNAs suggests that they are mobile elements.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».