MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2064031370 · doi:10.1046/j.1469-8137.2001.00091.x

Plasmid drawing software

2001· article· en· W2064031370 sur OpenAlexaboutno aff
Gordon Allison

Notice bibliographique

RevueNew Phytologist · 2001
Typearticle
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueInnovations in Concrete and Construction Materials
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceGraphicsConstruct (python library)Sequence (biology)SoftwareCloning (programming)Insert (composites)Function (biology)Interface (matter)File formatInformation retrievalComputer graphics (images)World Wide WebProgramming languageBiologyOperating systemGeneticsEngineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Distributed by Redasoft, Toronto, Canada (http://www.redasoft.com) This is a new map-drawing and sequence analysis package from Redasoft. In its web pages the company promises that it has been designed to be intuitive, comprehensive and affordable, and without doubt these goals have been achieved to a very large degree; Visual Cloning 2000 is a substantial improvement on Plasmid, their previous package. Sequences can be imported from files, copied from the clipboard, downloaded from the internet as new maps, or inserted into pre-existing maps and several maps can be displayed at one time. The display interface is clear and easy to understand; all function menus are displayed as large buttons. An excellent integral web-browser facilitates access of sequences via the National Centre for Biotechnology Information (NCBI), Sequence Retrieval System (SRS), or Redasoft cloning vector search engines. However, unlike other packages, Visual Cloning 2000 contains no database of commonly used vector sequences to save searching for vector sequences and assist in the creation of the vast majority of construct maps. Several simple tools for sequence analysis and experiment design are included. A sequence viewer enables sequences to be viewed simultaneously as text and graphics, but this function is read-only. There are also tools for PCR primer design, subsequence searching, restriction analysis and prediction of open reading frames; these aren’t novel, but they quite adequate and very easy to use. The main strongpoint of the package is, however, the quality of the vector/insert maps. These are not only very clear, and rival those produced with more powerful packages, but can be manipulated easily to contain primer binding and restriction enzyme sites. In addition, they can be pasted into other desktop applications such as Word and Powerpoint without format alterations. Visual Cloning 2000 is a sophisticated, user-friendly, mid-priced plasmid drawing package with limited analytical capabilities. It does not replace complex software suits such as Wisconsin Package (Genetics Computer Group Inc.) for hard-core sequence analysis and gene prediction, but its ease of use will ensure it a place on many a crowded computer desktop.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Logiciel · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,256
Score d'incertitude au seuil0,858

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0030,005
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0040,002
Science ouverte0,0040,003
Intégrité de la recherche0,0010,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,2560,164

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreLogiciel

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2001
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNew PhytologistMême sujetInnovations in Concrete and Construction MaterialsTravaux en français237 207