Genetic structure of <i>Verticillium dahliae</i> isolates infecting olive trees in Tunisia using <scp>AFLP</scp> , pathogenicity and <scp>PCR</scp> markers
Notice bibliographique
Résumé
Since 2006, verticillium wilt of olive induced by Verticillium dahliae has caused considerable economic losses in olive orchards in Tunisia. The genetic structure of V. dahliae isolates collected from different olive growing regions was investigated using virulence tests, vegetative compatibility grouping ( VCG ) and amplified fragment length polymorphism ( AFLP ) analyses. In total, 42 isolates of V. dahliae from diseased olive trees were tested. Cluster analysis and principal coordinate analysis revealed that geographic origin was the main factor determining the genetic structure of V. dahliae populations and both methods indicated a genetic separation between the central and coastal isolates. Isolates were divided into two major groups: the AFLP ‐I group included all isolates from Sidi Bouzid, Kairouan, Kasserine and Sfax (centre of the country) and the AFLP ‐ II group included isolates from Monastir, Zaghouane, Sousse, Mahdia (coastal region), and two isolates from Sfax. Analysis of the molecular variance ( amova ) indicated a significant level of genetic differentiation among (76%) and within (23%) the two populations. Analyses of both the defoliating (D) and non‐defoliating ( ND ) pathotypes and VCG markers indicated that most of the isolates belong to VCG 2A and 4B/ ND pathotype. The disease severity was highly variable among the isolates tested ( P < 0·05) with no evidence of association between aggressiveness and geographical origin of the isolates. Overall, results of this study revealed a clear association between the genetic diversity of the isolates and their geographic origin, but not between genetic diversity and virulence patterns.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».