Role of the N-terminal Proline Residue in the Catalytic Activities of the Escherichia coli Fpg Protein
Notice bibliographique
Résumé
The Escherichia coli Fpg protein is a DNA glycosylase/AP lyase. It removes, in DNA, oxidized purine residues, including the highly mutagenic C8-oxo-guanine (8-oxoG). The catalytic mechanism is believed to involve the formation of a transient Schiff base intermediate formed between DNA containing an oxidized residue and the N-terminal proline of the Fpg protein. The importance and the role of this proline upon the various catalytic activities of the Fpg protein was examined by targeted mutagenesis, resulting in the construction of three mutant Fpg proteins: Pro-2 --> Gly (FpgP2G), Pro-2 --> Thr (FpgP2T), and Pro-2 --> Glu (FpgP2E). The formamidopyrimidine DNA glycosylase activities of FpgP2G and FpgP2T were comparable and accounted for 10% of the wild-type activity. FpgP2G and FpgP2T had barely detectable 8-oxoG-DNA glycosylase activity and produced minute Schiff base complex with 8-oxoG/C DNA. FpgP2G and FpgP2T mutants did not cleave a DNA containing preformed AP site but readily produced Schiff base complex with this substrate. FpgP2E was completely inactive in all the assays. The binding constants of the different mutants when challenged with a duplex DNA containing a tetrahydrofuran residue were comparable. The mutant Fpg proteins barely or did not complement in vivo the spontaneous transitions G/C --> T/A in E. coli BH990 (fpg mutY) cells. These results show the mandatory role of N-terminal proline in the 8-oxoG-DNA glycosylase activity of the Fpg protein in vitro and in vivo as well as in its AP lyase activity upon preformed AP site but less in the 2,6-diamino-4-hydroxy-5-N-methylformamidopyrimidine-DNA glycosylase activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».