A Systems Biology Examination of the Human Female Genital Tract Shows Compartmentalization of Immune Factor Expression
Notice bibliographique
Résumé
Many mucosal factors in the female genital tract (FGT) have been associated with HIV susceptibility, but little is known about their anatomical distribution in the FGT compartments. This study comprehensively characterized global immune factor expression in different tissue sites of the lower and upper FGT by using a systems biology approach. Tissue sections from the ectocervix, endocervix, and endometrium from seven women who underwent hysterectomy were analyzed by a combination of quantitative mass spectrometry and immunohistochemical staining. Of the >1,000 proteins identified, 281 were found to be differentially abundant in different tissue sites. Hierarchical clustering identified four major functional pathways distinguishing compartments, including innate immune pathways (acute-phase response, LXR/RXR) and development (RhoA signaling, gluconeogenesis), which were enriched in the ectocervix/endocervix and endometrium, respectively. Immune factors important for HIV susceptibility, including antiproteases, immunoglobulins, complement components, and antimicrobial factors, were most abundant in the ectocervix/endocervix, while the endometrium had a greater abundance of certain factors that promote HIV replication. Immune factor abundance is heterogeneous throughout the FGT and shows unique immune microenvironments for HIV based on the exposure site. This may have important implications for early events in HIV transmission and site-specific susceptibility to HIV in the FGT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».