Mass Spectrometric Determination of the Coordination Geometry of Potential Copper(II) Surrogates for the Mammalian Prion Protein Octarepeat Region
Notice bibliographique
Résumé
The N-terminal domain of mammalian prion proteins contains several tandem repeats of the octapeptide PHGGGWGQ, each one capable of selectively binding up to 1 equiv of Cu2+. Under saturating conditions Cu2+ is known to coordinate the HGG portion of the repeat sequence via the histidine imidazole side chain, two deprotonated amide N-atoms, and a backbone carbonyl O-atom. Using appropriate selection criteria, we have generated a short list of candidate metal ions (Co3+, Ni2+, Pd2+, Pt2+) that can serve as potential surrogates for Cu2+. The selected metal ions were screened for binding interactions with the OR-derived peptide fragment AcHGGGWNH2 (Ac = acetyl, amino acid residues in italics) using electrospray ionization mass spectrometry. The coordination geometries of these metal ions with the synthetic OR peptide were subsequently determined from fragment analysis using collision-induced dissociation tandem mass spectrometry. Our results indicate that, although Co3+, Pd2+, and Pt2+ all bind to the OR fragment via the peptide backbone to varying extents, each of these metal ions appears to associate with the peptide in a unique manner, which is distinct from the way in which Cu2+ is coordinated. This work illustrates the extremely strong selectivity for Cu2+ of this highly conserved region of the mammalian prion protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».