Mitochondrial Multiplex Real-Time PCR as a Source Tracking Method in Fecal-Contaminated Effluents
Notice bibliographique
Résumé
Multiplex real-time PCR amplifying fecal mitochondrial DNA (mtDNA) combined with rapid, crude DNA preparations are promising additions to surface water source tracking methods. Amplification of eukaryotic mitochondrial DNA identifies the fecal source directly and can be used in conjunction with other intestinal microbial methods to characterize effluents. Species-specific primers and dual-labeled probes for human, swine, and bovine NADH dehydrogenase subunit 5 (ND5) genes were created for multiplex real-time PCR in feces and effluent slurries. The linear range of the multiplex assay was 10(2)-10(7) mtDNA copies for human, bovine, and swine effluent in combination (equal volumes). PCR amplification efficiencies for bovine, human, and swine mtDNA when assayed in combination were 93, 107, and 92% respectively. Linear regression correlation coefficients (r2) were 0.99 for all standard curves except for human mtDNA in combination (r2 = 0.95). Multiplex amplification of bovine, human, and swine mtDNA (ND5) exhibited no cross-reactions between the effluents from three species of interest. Also, no cross-reactions were observed with effluents of other vertebrates: sheep, goat, horse, dog, cat, Canada goose, broiler, layer, turkey, and tilapia. Performed as a blind test, the PCR operator was able to correctly identify all but two effluent challenge samples (10/12 or 83% correct) with no false positives (22/22 or 100% correct). The multiplex assay had a tendency to detect the species of highest mtDNA concentration only. Better detection of all three species in a combination of human, bovine, and swine effluents was accomplished by running each real-time PCR primer/ probe set singly. Real-time PCR detection limit was calculated as 2.0 x 10(6) mitochondrial copies or 0.2 g of human feces per 100 mL effluent. Some carry-over mtDNA PCR signal from consumed beef, but not pork, was found in feces of human volunteers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».