Genomic RNAs of Borna disease virus are elongated on internal template motifs after realignment of the 3′ termini
Notice bibliographique
Résumé
The terminal structures of the Borna disease virus (BDV) genome (vRNA) and antigenome (cRNA) differ from those of other negative strand RNA viruses, as both molecules possess four nucleotides at the 3' terminus without an apparent template at the 5' end of the opposite strand. Consequently, the v- and cRNA molecules are not perfect mirror images, a situation that is not compatible with conventional strategies to maintain genetic information. We show here that recombinant viruses recovered from cDNA lacking the nontemplated nucleotides efficiently reconstitute the 3' overhangs. Analyses of recombinant viruses encoding genetic markers in potential alternative template sequences demonstrated that the BDV v- and cRNA molecules are extended by a realign-and-elongation process on internal template motifs located in close proximity to the 3' ends of v- and cRNA, respectively. The data further suggest that cRNA elongation is restricted to a single template motif of the nascent strand, whereas elongation of vRNA might use multiple template motifs. We propose that the elongation of the 3' termini supports the terminal integrity of the genomic RNA molecules during BDV persistence, and furthermore provides an elegant strategy to eliminate the triphosphate groups from the 5' termini of the BDV v- and cRNA without compromising the genetic information of the virus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».