Unifying the spatial population dynamics and molecular evolution of epidemic rabies virus
Notice bibliographique
Résumé
Infectious disease emergence is under the simultaneous influence of both genetic and ecological factors. Yet, we lack a general framework for linking ecological dynamics of infectious disease with underlying molecular and evolutionary change. As a model, we illustrate the linkage between ecological and evolutionary dynamics in rabies virus during its epidemic expansion into eastern and southern Ontario. We characterized the phylogeographic relationships among 83 isolates of fox rabies virus variant using nucleotide sequences from the glycoprotein-encoding glycoprotein gene. The fox rabies virus variant descended as an irregular wave with two arms invading from northern Ontario into southern Ontario over the 1980s and 1990s. Correlations between genetic and geographic distance suggest an isolation by distance population structure for the virus. The divergence among viral lineages since the most recent common ancestor correlates with position along the advancing wave front with more divergent lineages near the origin of the epidemic. Based on divergence from the most recent common ancestor, the regional population can be partitioned into two subpopulations, each corresponding to an arm of the advancing wave. Subpopulation A (southern Ontario) showed reduced isolation by distance relative to subpopulation B (eastern Ontario). The temporal dynamics of subpopulation A suggests that the subregional viral population may have undergone several smaller waves that reduced isolation by distance. The use of integrated approaches, such as the geographical analysis of sequence variants, coupled with information on spatial dynamics will become indispensable aids in understanding patterns of disease emergence.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».