Epstein–Barr virus encoded <scp>RNA</scp> detected by <i>in situ</i> hybridization using cytological preparations
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Detection of Epstein-Barr virus (EBV) status might help in the diagnosis of EBV-related neoplasms. The rate of successful assays for the detection of EBV-infected cells in cytological preparations has not been fully explored. Our aims were to examine the rate of successful in situ hybridization (ISH) assays for EBV-encoded RNA (EBER) in cytological specimens and to explore reasons for failure. METHODS: An electronic search selected cases with ISH-EBER assays performed on cytological preparations during a 10-year period. Data regarding patient age, gender and immune status, sample type and site, type of preparation, ISH-EBER results, immunophenotyping and immunohistochemistry results, final diagnosis and correspondent histopathological samples were retrieved. RESULTS: Sixty specimens from 58 patients with diagnoses of lymphoproliferative disorder (n = 35), carcinoma (n = 24) and sarcoma (n = 1) were identified. ISH-EBER assays were performed on 50 cell block sections and on 10 cytospin preparations, with 22 positive and 32 negative results. Six tests (four cytospins and two cell block sections) failed owing to loss of material during the assay and background staining, with an overall failure rate of 10% and 4% if cytospins were excluded. Assays were performed on 13 cytology and surgical specimens from the same site, with only one discrepant result. CONCLUSIONS: Cell block sections had more successful ISH-EBER assays when compared with cytospins. Reasons for failure were loss of material on the slide and background staining. A high concordance rate with surgical specimens emphasizes the usefulness of cytological samples for determining EBV status in patients with exhausted or no histological material available.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».