124 Evidence for Lateral Transfer of a IE Intron between Fungal and Red Algal Small Subunit Ribosomal RNA Genes
Notice bibliographique
Résumé
In a recent study of the North American biogeography of the red algae genus Hildenbrandia, the presence of group I introns were noted in the nuclear SSU rRNA gene of the marine species H. rubra (Hildenbrandiales). Group I introns in the nuclear encoded rRNAs have been previously reported in the Hildenbrandiales as well as the Bangiales. All reported introns within the red algae have been identified as belonging to the IC1 subclass and occur at two insertion sites in the nuclear small subunit rRNA (516 and 1506). However, an unclassified intron was discovered at position 989 in the nuclear SSU rRNA gene of a collection of H. rubra from British Columbia, Canada. We have determined that the intron is a member of the IE subclass and this is the first report of an IE intron and an intron in position 989 in the red algae. Phylogenetic analyses of the intron sequences reveal a close relationship between this group IE intron and similar ascomycete and basidiomycete fungal IE introns in the nuclear SSU rRNA genes at positions 989 and 1199. In addition, a common unique helix (structural signature) in the P13 domain of the Hildenbrandia intron and those of the fungi at the 989 and 1199 IE positions in the nuclear SSU rRNA gene also indicates a close relationship. Hence, this study provides evidence for a possible lateral transfer of the IE intron in position 989 between fungal and red algal nuclear SSU rRNA genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».